در این علم آنچه نقش اساسی را بر عهده دارد بر هم کنش نور (فوتون) و ماده است در حالی که در علم الکترونیک نقش اصلی بر عهده ی برهم کنش الکترون و ماده است.

لذا با توجه به اینکه بر هم کنش فوتون با ماده، برتری بسیار زیاد نسبت به برهم کنش الکترون با ماده دارد، هر روزه شاهد نشانه های برتری مهندسی فتونیک به الکترونیک در عرصه ی فناوری های نوین هستیم، به طوری که با رونق علم فوتونیک از اوایل دهه ی ۱۹۸۰، رفته رفته سهم علم الکترونیک در فناوری و زندگی ما کاهش می یابد.

لیزر، فیبر نوری، نیمه هادیها و نانو فوتونیک از جمله مباحث مطرح در این رشته است. 

از جمله موضوعات مطرح در این رشته می توان به موارد زیر اشاره کرد: 
–  ساخت، توسعه و مطالعات بر روی لیزرهای مختلف با طول موج و توان های متفاوت
– به کارگیری لیزرهای ساخته شده و خریداری شده در طرح های مختلف
– مطالعه و توسعه پایه ای در اپتیک کوانتومی مطالعه و توسعه فیزیک نیمه هادی در جهت مطالعه انواع لیزرهای نیمه هادی و ساخت آنها
– مطالعه برروی آشکار سازهای نیمه هادی
– مطالعه و ساخت فیبرنوری و بررسی کاربردهای فیبر در جهت رفع مشکلات مخابراتی کشور
– مطالعه و پژوهش در زمینه نانوفوتونیک به منظور رسیدن به تکنولوژی قطعات دیجیتالی فوتونی و نهایتاً پردازنده های فوتونیکی
این رشته شامل گرایشهای نانو فوتونیک و مخابرات نوری می باشد.

در ادامه برای آشنایی بیشتر متقاضیان انتخاب رشته کنکور ارشد و نیز افرادی که در بازار کار و کاریابی به دنبال آینده شغلی بهتری هستند، اطلاعات بیشتری شامل: برنامه درسی(سرفصل) و تعداد واحدها، دانشگاه های دارای رشته ارشد مهندسی فوتونیک، معرفی سایر گرایشهای ارشد و دکترای برق (به منظور ادامه تحصیل در مقاطع بالاتر آموزش عالی) این رشته ارایه می شود.